Changeset 7983


Ignore:
Timestamp:
04/18/12 10:35:37 (7 years ago)
Author:
aivar
Message:

SLIM Plugin: Changed UserInterfacePanel.java from a "m_" member variable naming convention to "_". (201 changes!)

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/projects/slim-plugin/src/main/java/loci/slim/ui/UserInterfacePanel.java

    r7982 r7983  
    158158    private FittingCursorHelper _fittingCursorHelper; 
    159159     
    160     public IUserInterfacePanelListener m_listener; 
    161     private boolean m_showBins = true; 
    162     int m_fittedParameterCount = 0; 
     160    public IUserInterfacePanelListener _listener; 
     161    private boolean _showBins = true; 
     162    int _fittedParameterCount = 0; 
    163163 
    164164    // UI panel 
    165     JPanel m_COMPONENT; 
    166     JFrame m_frame; 
    167     JPanel m_cardPanel; 
    168  
    169     JComboBox m_regionComboBox; 
    170     JComboBox m_algorithmComboBox; 
    171     JComboBox m_functionComboBox; 
    172     JComboBox m_noiseModelComboBox; 
    173     JComboBox m_fittedImagesComboBox; 
    174     JCheckBox m_colorizeGrayScale; 
    175     JCheckBox[] m_analysisCheckBoxList; 
    176     JCheckBox m_fitAllChannels; 
     165    JPanel _COMPONENT; 
     166    JFrame _frame; 
     167    JPanel _cardPanel; 
     168 
     169    JComboBox _regionComboBox; 
     170    JComboBox _algorithmComboBox; 
     171    JComboBox _functionComboBox; 
     172    JComboBox _noiseModelComboBox; 
     173    JComboBox _fittedImagesComboBox; 
     174    JCheckBox _colorizeGrayScale; 
     175    JCheckBox[] _analysisCheckBoxList; 
     176    JCheckBox _fitAllChannels; 
    177177     
    178178    // cursor settings 
    179     JTextField m_promptBaselineField; 
    180     JTextField m_transientStartField; 
    181     JTextField m_dataStartField; 
    182     JTextField m_transientStopField; 
    183     JTextField m_promptDelayField; 
    184     JTextField m_promptWidthField; 
    185     JComboBox m_promptComboBox; 
    186     JButton m_estimateCursorsButton; 
     179    JTextField _promptBaselineField; 
     180    JTextField _transientStartField; 
     181    JTextField _dataStartField; 
     182    JTextField _transientStopField; 
     183    JTextField _promptDelayField; 
     184    JTextField _promptWidthField; 
     185    JComboBox _promptComboBox; 
     186    JButton _estimateCursorsButton; 
    187187     
    188188    // fit settings 
    189     JTextField m_xField; 
    190     JTextField m_yField; 
    191     JTextField m_thresholdField; 
    192     JTextField m_chiSqTargetField; 
    193     JComboBox m_binningComboBox; 
     189    JTextField _xField; 
     190    JTextField _yField; 
     191    JTextField _thresholdField; 
     192    JTextField _chiSqTargetField; 
     193    JComboBox _binningComboBox; 
    194194 
    195195    // parameter panel 
    196     JPanel m_paramPanel; 
    197     int m_paramPanelIndex; 
     196    JPanel _paramPanel; 
     197    int _paramPanelIndex; 
    198198 
    199199    // single exponent fit 
    200     JTextField m_aParam1; 
    201     JCheckBox m_aFix1; 
    202     JTextField m_tParam1; 
    203     JCheckBox m_tFix1; 
    204     JTextField m_zParam1; 
    205     JCheckBox m_zFix1; 
    206     JTextField m_chiSqParam1; 
    207     JCheckBox m_startParam1; 
     200    JTextField _aParam1; 
     201    JCheckBox _aFix1; 
     202    JTextField _tParam1; 
     203    JCheckBox _tFix1; 
     204    JTextField _zParam1; 
     205    JCheckBox _zFix1; 
     206    JTextField _chiSqParam1; 
     207    JCheckBox _startParam1; 
    208208 
    209209    // double exponent fit 
    210     JTextField m_a1Param2; 
    211     JCheckBox m_a1Fix2; 
    212     JTextField m_a2Param2; 
    213     JCheckBox m_a2Fix2; 
    214     JTextField m_t1Param2; 
    215     JCheckBox m_t1Fix2; 
    216     JTextField m_t2Param2; 
    217     JCheckBox m_t2Fix2; 
    218     JTextField m_zParam2; 
    219     JCheckBox m_zFix2; 
    220     JTextField m_chiSqParam2; 
    221     JCheckBox m_startParam2; 
     210    JTextField _a1Param2; 
     211    JCheckBox _a1Fix2; 
     212    JTextField _a2Param2; 
     213    JCheckBox _a2Fix2; 
     214    JTextField _t1Param2; 
     215    JCheckBox _t1Fix2; 
     216    JTextField _t2Param2; 
     217    JCheckBox _t2Fix2; 
     218    JTextField _zParam2; 
     219    JCheckBox _zFix2; 
     220    JTextField _chiSqParam2; 
     221    JCheckBox _startParam2; 
    222222 
    223223    // triple exponent fit 
    224     JTextField m_a1Param3; 
    225     JCheckBox m_a1Fix3; 
    226     JTextField m_a2Param3; 
    227     JCheckBox m_a2Fix3; 
    228     JTextField m_a3Param3; 
    229     JCheckBox m_a3Fix3; 
    230     JTextField m_t1Param3; 
    231     JCheckBox m_t1Fix3; 
    232     JTextField m_t2Param3; 
    233     JCheckBox m_t2Fix3; 
    234     JTextField m_t3Param3; 
    235     JCheckBox m_t3Fix3; 
    236     JTextField m_zParam3; 
    237     JCheckBox m_zFix3; 
    238     JTextField m_chiSqParam3; 
    239     JCheckBox m_startParam3; 
     224    JTextField _a1Param3; 
     225    JCheckBox _a1Fix3; 
     226    JTextField _a2Param3; 
     227    JCheckBox _a2Fix3; 
     228    JTextField _a3Param3; 
     229    JCheckBox _a3Fix3; 
     230    JTextField _t1Param3; 
     231    JCheckBox _t1Fix3; 
     232    JTextField _t2Param3; 
     233    JCheckBox _t2Fix3; 
     234    JTextField _t3Param3; 
     235    JCheckBox _t3Fix3; 
     236    JTextField _zParam3; 
     237    JCheckBox _zFix3; 
     238    JTextField _chiSqParam3; 
     239    JCheckBox _startParam3; 
    240240 
    241241    // stretched exonent fit 
    242     JTextField m_aParam4; 
    243     JCheckBox m_aFix4; 
    244     JTextField m_tParam4; 
    245     JCheckBox m_tFix4; 
    246     JTextField m_hParam4; 
    247     JCheckBox m_hFix4; 
    248     JTextField m_zParam4; 
    249     JCheckBox m_zFix4; 
    250     JTextField m_chiSqParam4; 
    251     JCheckBox m_startParam4; 
    252  
    253     JButton m_quitButton; 
    254     JButton m_fitButton; 
    255     String m_fitButtonText = FIT_IMAGE; 
     242    JTextField _aParam4; 
     243    JCheckBox _aFix4; 
     244    JTextField _tParam4; 
     245    JCheckBox _tFix4; 
     246    JTextField _hParam4; 
     247    JCheckBox _hFix4; 
     248    JTextField _zParam4; 
     249    JCheckBox _zFix4; 
     250    JTextField _chiSqParam4; 
     251    JCheckBox _startParam4; 
     252 
     253    JButton _quitButton; 
     254    JButton _fitButton; 
     255    String _fitButtonText = FIT_IMAGE; 
    256256 
    257257    public UserInterfacePanel(boolean tabbed, boolean showTau, 
     
    263263        _fittingCursorHelper = fittingCursorHelper; 
    264264         
    265         m_frame = new JFrame("SLIM Plugin"); 
     265        _frame = new JFrame("SLIM Plugin"); 
    266266 
    267267        // create outer panel 
     
    282282 
    283283            // Create cards and the panel that contains the cards 
    284             m_cardPanel = new JPanel(new CardLayout()); 
    285             m_cardPanel.add(createSingleExponentialPanel(lifetimeLabel), SINGLE_EXPONENTIAL); 
    286             m_cardPanel.add(createDoubleExponentialPanel(lifetimeLabel), DOUBLE_EXPONENTIAL); 
    287             m_cardPanel.add(createTripleExponentialPanel(lifetimeLabel), TRIPLE_EXPONENTIAL); 
    288             m_cardPanel.add(createStretchedExponentialPanel(lifetimeLabel), STRETCHED_EXPONENTIAL); 
    289             tabbedPane.addTab("Params", m_cardPanel); 
     284            _cardPanel = new JPanel(new CardLayout()); 
     285            _cardPanel.add(createSingleExponentialPanel(lifetimeLabel), SINGLE_EXPONENTIAL); 
     286            _cardPanel.add(createDoubleExponentialPanel(lifetimeLabel), DOUBLE_EXPONENTIAL); 
     287            _cardPanel.add(createTripleExponentialPanel(lifetimeLabel), TRIPLE_EXPONENTIAL); 
     288            _cardPanel.add(createStretchedExponentialPanel(lifetimeLabel), STRETCHED_EXPONENTIAL); 
     289            tabbedPane.addTab("Params", _cardPanel); 
    290290 
    291291            outerPanel.add(tabbedPane); 
     
    309309 
    310310            // Create cards and the panel that contains the cards 
    311             m_cardPanel = new JPanel(new CardLayout()); 
    312             m_cardPanel.add(createSingleExponentialPanel(lifetimeLabel), SINGLE_EXPONENTIAL); 
    313             m_cardPanel.add(createDoubleExponentialPanel(lifetimeLabel), DOUBLE_EXPONENTIAL); 
    314             m_cardPanel.add(createTripleExponentialPanel(lifetimeLabel), TRIPLE_EXPONENTIAL); 
    315             m_cardPanel.add(createStretchedExponentialPanel(lifetimeLabel), STRETCHED_EXPONENTIAL); 
    316             m_cardPanel.setBorder(border("Params")); 
    317             innerPanel.add(m_cardPanel); 
     311            _cardPanel = new JPanel(new CardLayout()); 
     312            _cardPanel.add(createSingleExponentialPanel(lifetimeLabel), SINGLE_EXPONENTIAL); 
     313            _cardPanel.add(createDoubleExponentialPanel(lifetimeLabel), DOUBLE_EXPONENTIAL); 
     314            _cardPanel.add(createTripleExponentialPanel(lifetimeLabel), TRIPLE_EXPONENTIAL); 
     315            _cardPanel.add(createStretchedExponentialPanel(lifetimeLabel), STRETCHED_EXPONENTIAL); 
     316            _cardPanel.setBorder(border("Params")); 
     317            innerPanel.add(_cardPanel); 
    318318 
    319319            outerPanel.add(innerPanel); 
     
    325325        buttonPanel.setBorder(BorderFactory.createEmptyBorder(0, 10, 10, 10)); 
    326326        buttonPanel.add(Box.createHorizontalGlue()); 
    327         m_quitButton = new JButton("Quit"); 
    328         m_quitButton.addActionListener( 
     327        _quitButton = new JButton("Quit"); 
     328        _quitButton.addActionListener( 
    329329            new ActionListener() { 
    330330                public void actionPerformed(ActionEvent e) { 
    331                     if (null != m_listener) { 
    332                         m_listener.quit(); 
     331                    if (null != _listener) { 
     332                        _listener.quit(); 
    333333                    } 
    334334                } 
    335335            } 
    336336        ); 
    337         buttonPanel.add(m_quitButton); 
     337        buttonPanel.add(_quitButton); 
    338338        buttonPanel.add(Box.createRigidArea(new Dimension(10, 0))); 
    339         m_fitButton = new JButton(m_fitButtonText); 
    340         m_fitButton.addActionListener( 
     339        _fitButton = new JButton(_fitButtonText); 
     340        _fitButton.addActionListener( 
    341341            new ActionListener() { 
    342342                public void actionPerformed(ActionEvent e) { 
    343343                    String text = (String)e.getActionCommand(); 
    344                     if (text.equals(m_fitButtonText)) { 
     344                    if (text.equals(_fitButtonText)) { 
    345345                        enableAll(false); 
    346346                        setFitButtonState(false); 
    347                         if (null != m_listener) { 
    348                             m_listener.doFit(); 
     347                        if (null != _listener) { 
     348                            _listener.doFit(); 
    349349                        } 
    350350                    } 
    351351                    else{ 
    352352                        setFitButtonState(true); 
    353                         if (null != m_listener) { 
    354                             m_listener.cancelFit(); 
     353                        if (null != _listener) { 
     354                            _listener.cancelFit(); 
    355355                        } 
    356356                    } 
     
    358358            } 
    359359        ); 
    360         buttonPanel.add(m_fitButton); 
     360        buttonPanel.add(_fitButton); 
    361361 
    362362        outerPanel.add(buttonPanel); 
    363         m_frame.getContentPane().add(outerPanel); 
    364  
    365         m_frame.pack(); 
    366         final Dimension preferred = m_frame.getPreferredSize(); 
    367         m_frame.setMinimumSize(preferred); 
    368         m_frame.addComponentListener( 
     363        _frame.getContentPane().add(outerPanel); 
     364 
     365        _frame.pack(); 
     366        final Dimension preferred = _frame.getPreferredSize(); 
     367        _frame.setMinimumSize(preferred); 
     368        _frame.addComponentListener( 
    369369                new ComponentAdapter() { 
    370370                    @Override 
    371371                    public void componentResized(ComponentEvent e) { 
    372372                        // allow horizontal but not vertical resize 
    373                         int width = m_frame.getWidth(); 
     373                        int width = _frame.getWidth(); 
    374374                        if (width < (int) preferred.getWidth()) { 
    375375                            width = (int) preferred.getWidth(); 
    376376                        } 
    377                         m_frame.setSize(width, (int) preferred.getHeight()); 
     377                        _frame.setSize(width, (int) preferred.getHeight()); 
    378378                    } 
    379379 
     
    389389    @Override 
    390390    public JFrame getFrame() { 
    391         return m_frame; 
     391        return _frame; 
    392392    } 
    393393 
    394394    @Override 
    395395    public void setListener(IUserInterfacePanelListener listener) { 
    396         m_listener = listener; 
     396        _listener = listener; 
    397397    } 
    398398 
     
    411411        regionLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    412412        fitPanel.add(regionLabel); 
    413         m_regionComboBox = new JComboBox(REGION_ITEMS); 
    414         m_regionComboBox.setSelectedItem(ALL_REGION); 
    415         m_regionComboBox.addItemListener( 
     413        _regionComboBox = new JComboBox(REGION_ITEMS); 
     414        _regionComboBox.setSelectedItem(ALL_REGION); 
     415        _regionComboBox.addItemListener( 
    416416            new ItemListener() { 
    417417                @Override 
     
    420420                        String item = (String) e.getItem(); 
    421421                        if (SUM_REGION.equals(item)) { 
    422                             m_fitButtonText = FIT_SUMMED_PIXELS; 
     422                            _fitButtonText = FIT_SUMMED_PIXELS; 
    423423                        } 
    424424                        else if (ROIS_REGION.equals(item)) { 
    425                             m_fitButtonText = FIT_SUMMED_ROIS; 
     425                            _fitButtonText = FIT_SUMMED_ROIS; 
    426426                        } 
    427427                        else if (PIXEL_REGION.equals(item)) { 
    428                             m_fitButtonText = FIT_PIXEL; 
     428                            _fitButtonText = FIT_PIXEL; 
    429429                        } 
    430430                        else if (ALL_REGION.equals(item)) { 
    431                             m_fitButtonText = FIT_IMAGE; 
     431                            _fitButtonText = FIT_IMAGE; 
    432432                        } 
    433                         m_fitButton.setText(m_fitButtonText); 
     433                        _fitButton.setText(_fitButtonText); 
    434434                    } 
    435435                } 
    436436            } 
    437437        ); 
    438         fitPanel.add(m_regionComboBox); 
     438        fitPanel.add(_regionComboBox); 
    439439 
    440440        JLabel algorithmLabel = new JLabel("Algorithm"); 
    441441        algorithmLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    442442        fitPanel.add(algorithmLabel); 
    443         m_algorithmComboBox = new JComboBox(ALGORITHM_ITEMS); 
    444         m_algorithmComboBox.setSelectedItem(SLIM_CURVE_RLD_LMA_ALGORITHM); 
    445         fitPanel.add(m_algorithmComboBox); 
     443        _algorithmComboBox = new JComboBox(ALGORITHM_ITEMS); 
     444        _algorithmComboBox.setSelectedItem(SLIM_CURVE_RLD_LMA_ALGORITHM); 
     445        fitPanel.add(_algorithmComboBox); 
    446446 
    447447        JLabel functionLabel = new JLabel("Function"); 
    448448        functionLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    449449        fitPanel.add(functionLabel); 
    450         m_functionComboBox = new JComboBox(FUNCTION_ITEMS); 
    451         m_functionComboBox.addItemListener( 
     450        _functionComboBox = new JComboBox(FUNCTION_ITEMS); 
     451        _functionComboBox.addItemListener( 
    452452            new ItemListener() { 
    453453                public void itemStateChanged(ItemEvent e) { 
    454454                    if (e.getStateChange() == ItemEvent.SELECTED) { 
    455455                        String item = (String) e.getItem(); 
    456                         CardLayout cl = (CardLayout)(m_cardPanel.getLayout()); 
    457                         cl.show(m_cardPanel, item); 
     456                        CardLayout cl = (CardLayout)(_cardPanel.getLayout()); 
     457                        cl.show(_cardPanel, item); 
    458458                        reconcileStartParam(); 
    459459                        updateFittedImagesComboBox(FUNCTION_ITEMS, item); 
     
    462462            } 
    463463        ); 
    464         fitPanel.add(m_functionComboBox); 
     464        fitPanel.add(_functionComboBox); 
    465465 
    466466        JLabel noiseModelLabel = new JLabel("Noise Model"); 
    467467        noiseModelLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    468468        fitPanel.add(noiseModelLabel); 
    469         m_noiseModelComboBox = new JComboBox(NOISE_MODEL_ITEMS); 
    470         m_noiseModelComboBox.setSelectedItem(MAXIMUM_LIKELIHOOD); 
    471         fitPanel.add(m_noiseModelComboBox); 
     469        _noiseModelComboBox = new JComboBox(NOISE_MODEL_ITEMS); 
     470        _noiseModelComboBox.setSelectedItem(MAXIMUM_LIKELIHOOD); 
     471        fitPanel.add(_noiseModelComboBox); 
    472472 
    473473        JLabel fittedImagesLabel = new JLabel("Fitted Images"); 
    474474        fittedImagesLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    475475        fitPanel.add(fittedImagesLabel); 
    476         m_fittedImagesComboBox = new JComboBox(SINGLE_FITTED_IMAGE_ITEMS); 
    477         fitPanel.add(m_fittedImagesComboBox); 
     476        _fittedImagesComboBox = new JComboBox(SINGLE_FITTED_IMAGE_ITEMS); 
     477        fitPanel.add(_fittedImagesComboBox); 
    478478 
    479479        JLabel dummyLabel = new JLabel(""); 
    480480        dummyLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    481481        fitPanel.add(dummyLabel); 
    482         m_colorizeGrayScale = new JCheckBox("Colorize grayscale"); 
    483         fitPanel.add(m_colorizeGrayScale); 
     482        _colorizeGrayScale = new JCheckBox("Colorize grayscale"); 
     483        fitPanel.add(_colorizeGrayScale); 
    484484 
    485485        int choices = analysisChoices.length; 
     
    497497                checkBoxList.add(checkBox); 
    498498            } 
    499             m_analysisCheckBoxList = checkBoxList.toArray(new JCheckBox[0]); 
     499            _analysisCheckBoxList = checkBoxList.toArray(new JCheckBox[0]); 
    500500        } 
    501501         
     
    506506        panel.add("North", fitPanel); 
    507507 
    508         m_fitAllChannels = new JCheckBox("Fit all channels"); 
    509         m_fitAllChannels.setSelected(true); 
    510  
    511         panel.add("South", m_fitAllChannels); 
     508        _fitAllChannels = new JCheckBox("Fit all channels"); 
     509        _fitAllChannels.setSelected(true); 
     510 
     511        panel.add("South", _fitAllChannels); 
    512512        return panel; 
    513513    } 
     
    522522    private void updateFittedImagesComboBox(String[] items, String selectedItem) { 
    523523        if (SINGLE_EXPONENTIAL.equals(selectedItem)) { 
    524             updateComboBox(m_fittedImagesComboBox, SINGLE_FITTED_IMAGE_ITEMS); 
     524            updateComboBox(_fittedImagesComboBox, SINGLE_FITTED_IMAGE_ITEMS); 
    525525        } 
    526526        else if (DOUBLE_EXPONENTIAL.equals(selectedItem)) { 
    527             updateComboBox(m_fittedImagesComboBox, DOUBLE_FITTED_IMAGE_ITEMS);             
     527            updateComboBox(_fittedImagesComboBox, DOUBLE_FITTED_IMAGE_ITEMS);             
    528528        } 
    529529        else if (TRIPLE_EXPONENTIAL.equals(selectedItem)) { 
    530             updateComboBox(m_fittedImagesComboBox, TRIPLE_FITTED_IMAGE_ITEMS);            
     530            updateComboBox(_fittedImagesComboBox, TRIPLE_FITTED_IMAGE_ITEMS);            
    531531        } 
    532532        else if (STRETCHED_EXPONENTIAL.equals(selectedItem)) { 
    533             updateComboBox(m_fittedImagesComboBox, STRETCHED_FITTED_IMAGE_ITEMS);   
     533            updateComboBox(_fittedImagesComboBox, STRETCHED_FITTED_IMAGE_ITEMS);   
    534534        } 
    535535    } 
     
    558558        excitationBaselineLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    559559        cursorPanel.add(excitationBaselineLabel); 
    560         m_promptBaselineField = new JTextField(9); 
    561         m_promptBaselineField.addActionListener(new ActionListener() { 
     560        _promptBaselineField = new JTextField(9); 
     561        _promptBaselineField.addActionListener(new ActionListener() { 
    562562            public void actionPerformed(ActionEvent e) { 
    563                 _fittingCursorHelper.setPromptBaseline(m_promptBaselineField.getText()); 
     563                _fittingCursorHelper.setPromptBaseline(_promptBaselineField.getText()); 
    564564            } 
    565565        }); 
    566         m_promptBaselineField.addFocusListener(new FocusAdapter() { 
     566        _promptBaselineField.addFocusListener(new FocusAdapter() { 
    567567            public void focusLost(FocusEvent e) { 
    568                 _fittingCursorHelper.setPromptBaseline(m_promptBaselineField.getText()); 
     568                _fittingCursorHelper.setPromptBaseline(_promptBaselineField.getText()); 
    569569            } 
    570570        }); 
    571571         
    572         cursorPanel.add(m_promptBaselineField);  
     572        cursorPanel.add(_promptBaselineField);  
    573573        JLabel transStartLabel = new JLabel("Transient Start"); 
    574574        transStartLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    575575        cursorPanel.add(transStartLabel); 
    576         m_transientStartField = new JTextField(9); 
    577         m_transientStartField.addActionListener(new ActionListener() { 
     576        _transientStartField = new JTextField(9); 
     577        _transientStartField.addActionListener(new ActionListener() { 
    578578            public void actionPerformed(ActionEvent e) { 
    579                 _fittingCursorHelper.setTransientStart(m_transientStartField.getText()); 
     579                _fittingCursorHelper.setTransientStart(_transientStartField.getText()); 
    580580            } 
    581581        }); 
    582         m_transientStartField.addFocusListener(new FocusAdapter() { 
     582        _transientStartField.addFocusListener(new FocusAdapter() { 
    583583            public void focusLost(FocusEvent e) { 
    584                 _fittingCursorHelper.setTransientStart(m_transientStartField.getText()); 
     584                _fittingCursorHelper.setTransientStart(_transientStartField.getText()); 
    585585            } 
    586586        }); 
    587         cursorPanel.add(m_transientStartField); 
     587        cursorPanel.add(_transientStartField); 
    588588         
    589589        JLabel dataStartLabel = new JLabel("Data Start"); 
    590590        dataStartLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    591591        cursorPanel.add(dataStartLabel); 
    592         m_dataStartField = new JTextField(9); 
    593         m_dataStartField.addActionListener(new ActionListener() { 
     592        _dataStartField = new JTextField(9); 
     593        _dataStartField.addActionListener(new ActionListener() { 
    594594            public void actionPerformed(ActionEvent e) { 
    595                 _fittingCursorHelper.setDataStart(m_dataStartField.getText()); 
     595                _fittingCursorHelper.setDataStart(_dataStartField.getText()); 
    596596            } 
    597597        }); 
    598         m_dataStartField.addFocusListener(new FocusAdapter() { 
     598        _dataStartField.addFocusListener(new FocusAdapter() { 
    599599            public void focusLost(FocusEvent e) { 
    600                 _fittingCursorHelper.setDataStart(m_dataStartField.getText()); 
     600                _fittingCursorHelper.setDataStart(_dataStartField.getText()); 
    601601            } 
    602602        }); 
    603         cursorPanel.add(m_dataStartField); 
     603        cursorPanel.add(_dataStartField); 
    604604 
    605605        JLabel transStopLabel = new JLabel("Transient End"); 
    606606        transStopLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    607607        cursorPanel.add(transStopLabel); 
    608         m_transientStopField = new JTextField(9); 
    609         m_transientStopField.addActionListener(new ActionListener() { 
     608        _transientStopField = new JTextField(9); 
     609        _transientStopField.addActionListener(new ActionListener() { 
    610610            public void actionPerformed(ActionEvent e) { 
    611                 _fittingCursorHelper.setTransientStop(m_transientStopField.getText()); 
     611                _fittingCursorHelper.setTransientStop(_transientStopField.getText()); 
    612612            } 
    613613        }); 
    614         m_transientStopField.addFocusListener(new FocusAdapter() { 
     614        _transientStopField.addFocusListener(new FocusAdapter() { 
    615615            public void focusLost(FocusEvent e) { 
    616                 _fittingCursorHelper.setTransientStop(m_transientStopField.getText()); 
     616                _fittingCursorHelper.setTransientStop(_transientStopField.getText()); 
    617617            } 
    618618        }); 
    619         cursorPanel.add(m_transientStopField); 
     619        cursorPanel.add(_transientStopField); 
    620620 
    621621        JLabel excitationStartLabel = new JLabel("Excitation Delay"); 
    622622        excitationStartLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    623623        cursorPanel.add(excitationStartLabel); 
    624         m_promptDelayField = new JTextField(9); 
    625         m_promptDelayField.addActionListener(new ActionListener() { 
     624        _promptDelayField = new JTextField(9); 
     625        _promptDelayField.addActionListener(new ActionListener() { 
    626626            public void actionPerformed(ActionEvent e) { 
    627                 _fittingCursorHelper.setPromptDelay(m_promptDelayField.getText()); 
     627                _fittingCursorHelper.setPromptDelay(_promptDelayField.getText()); 
    628628            } 
    629629        }); 
    630         m_promptDelayField.addFocusListener(new FocusAdapter() { 
     630        _promptDelayField.addFocusListener(new FocusAdapter() { 
    631631            public void focusLost(FocusEvent e) { 
    632                 _fittingCursorHelper.setPromptDelay(m_promptDelayField.getText()); 
     632                _fittingCursorHelper.setPromptDelay(_promptDelayField.getText()); 
    633633            } 
    634634        }); 
    635         cursorPanel.add(m_promptDelayField);        
     635        cursorPanel.add(_promptDelayField);        
    636636         
    637637        JLabel excitationStopLabel = new JLabel("Excitation Width"); 
    638638        excitationStopLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    639639        cursorPanel.add(excitationStopLabel); 
    640         m_promptWidthField = new JTextField(9); 
    641         m_promptWidthField.addActionListener(new ActionListener() { 
     640        _promptWidthField = new JTextField(9); 
     641        _promptWidthField.addActionListener(new ActionListener() { 
    642642            public void actionPerformed(ActionEvent e) { 
    643                 _fittingCursorHelper.setPromptWidth(m_promptWidthField.getText()); 
     643                _fittingCursorHelper.setPromptWidth(_promptWidthField.getText()); 
    644644            } 
    645645        }); 
    646         m_promptWidthField.addFocusListener(new FocusAdapter() { 
     646        _promptWidthField.addFocusListener(new FocusAdapter() { 
    647647            public void focusLost(FocusEvent e) { 
    648                 _fittingCursorHelper.setPromptWidth(m_promptWidthField.getText()); 
     648                _fittingCursorHelper.setPromptWidth(_promptWidthField.getText()); 
    649649            } 
    650650        }); 
    651         cursorPanel.add(m_promptWidthField); 
     651        cursorPanel.add(_promptWidthField); 
    652652         
    653653        JLabel excitationLabel = new JLabel("Excitation"); 
    654654        excitationLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    655655        cursorPanel.add(excitationLabel); 
    656         m_promptComboBox = new JComboBox(EXCITATION_ITEMS); 
    657         m_promptComboBox.addActionListener( 
     656        _promptComboBox = new JComboBox(EXCITATION_ITEMS); 
     657        _promptComboBox.addActionListener( 
    658658            new ActionListener() { 
    659659                public void actionPerformed(ActionEvent e) { 
    660                     String selectedItem = (String) m_promptComboBox.getSelectedItem(); 
     660                    String selectedItem = (String) _promptComboBox.getSelectedItem(); 
    661661                    boolean isExcitationLoaded = false; 
    662662                    if (EXCITATION_NONE.equals(selectedItem)) { 
    663                         if (null != m_listener) { 
    664                             m_listener.cancelExcitation(); 
     663                        if (null != _listener) { 
     664                            _listener.cancelExcitation(); 
    665665                        } 
    666666                    } 
     
    669669                        String directory = dialog.getDirectory(); 
    670670                        String fileName = dialog.getFileName(); 
    671                         if (null != fileName && !fileName.equals("") && null != m_listener) { 
    672                             isExcitationLoaded = m_listener.loadExcitation(directory + fileName); 
     671                        if (null != fileName && !fileName.equals("") && null != _listener) { 
     672                            isExcitationLoaded = _listener.loadExcitation(directory + fileName); 
    673673                        } 
    674674                    } 
     
    677677                        String directory = dialog.getDirectory(); 
    678678                        String fileName = dialog.getFileName(); 
    679                         if (null != fileName && !fileName.equals("") && null != m_listener) { 
    680                             isExcitationLoaded = m_listener.createExcitation(directory + fileName); 
     679                        if (null != fileName && !fileName.equals("") && null != _listener) { 
     680                            isExcitationLoaded = _listener.createExcitation(directory + fileName); 
    681681                        } 
    682682                    } 
    683683 
    684684                    if (isExcitationLoaded) { 
    685                         m_promptComboBox.setSelectedItem(EXCITATION_FILE); 
     685                        _promptComboBox.setSelectedItem(EXCITATION_FILE); 
    686686                        enablePromptCursors(true); 
    687687                    } 
    688688                    else { 
    689                         m_promptComboBox.setSelectedItem(EXCITATION_NONE); 
     689                        _promptComboBox.setSelectedItem(EXCITATION_NONE); 
    690690                        String text = _fittingCursorHelper.getShowBins() ? "0" : "0.0"; 
    691                         m_promptDelayField.setText(text); 
    692                         m_promptWidthField.setText(text); 
    693                         m_promptBaselineField.setText("0.0"); 
     691                        _promptDelayField.setText(text); 
     692                        _promptWidthField.setText(text); 
     693                        _promptBaselineField.setText("0.0"); 
    694694                        enablePromptCursors(false); 
    695695                    } 
     
    697697            } 
    698698        ); 
    699         cursorPanel.add(m_promptComboBox); 
     699        cursorPanel.add(_promptComboBox); 
    700700         
    701701        JLabel dummyLabel = new JLabel(""); 
    702702        dummyLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    703703        cursorPanel.add(dummyLabel); 
    704         m_estimateCursorsButton = new JButton("Estimate Cursors"); 
    705         m_estimateCursorsButton.addActionListener( 
     704        _estimateCursorsButton = new JButton("Estimate Cursors"); 
     705        _estimateCursorsButton.addActionListener( 
    706706            new ActionListener() { 
    707707                public void actionPerformed(ActionEvent e) { 
    708                     if (null != m_listener) { 
    709                         m_listener.estimateCursors(); 
     708                    if (null != _listener) { 
     709                        _listener.estimateCursors(); 
    710710                    } 
    711711                } 
    712712            } 
    713713        ); 
    714         cursorPanel.add(m_estimateCursorsButton); 
     714        cursorPanel.add(_estimateCursorsButton); 
    715715 
    716716        // rows, cols, initX, initY, xPad, yPad 
     
    734734        xLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    735735        controlPanel.add(xLabel); 
    736         m_xField = new JTextField(9); 
    737         controlPanel.add(m_xField); 
     736        _xField = new JTextField(9); 
     737        controlPanel.add(_xField); 
    738738 
    739739        JLabel yLabel = new JLabel("Y"); 
    740740        yLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    741741        controlPanel.add(yLabel); 
    742         m_yField = new JTextField(9); 
    743         controlPanel.add(m_yField); 
     742        _yField = new JTextField(9); 
     743        controlPanel.add(_yField); 
    744744 
    745745        JLabel thresholdLabel = new JLabel("Threshold"); 
    746746        thresholdLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    747747        controlPanel.add(thresholdLabel); 
    748         m_thresholdField = new JTextField(9); 
    749         controlPanel.add(m_thresholdField); 
     748        _thresholdField = new JTextField(9); 
     749        controlPanel.add(_thresholdField); 
    750750 
    751751        JLabel chiSqTargetLabel = new JLabel(CHI_SQ_TARGET); 
    752752        chiSqTargetLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    753753        controlPanel.add(chiSqTargetLabel); 
    754         m_chiSqTargetField = new JTextField(9); 
    755         controlPanel.add(m_chiSqTargetField); 
     754        _chiSqTargetField = new JTextField(9); 
     755        controlPanel.add(_chiSqTargetField); 
    756756 
    757757        JLabel binningLabel = new JLabel("Bin"); 
    758758        binningLabel.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    759759        controlPanel.add(binningLabel); 
    760         m_binningComboBox = new JComboBox(binningChoices); 
    761         controlPanel.add(m_binningComboBox); 
     760        _binningComboBox = new JComboBox(binningChoices); 
     761        controlPanel.add(_binningComboBox); 
    762762 
    763763        // rows, cols, initX, initY, xPad, yPad 
     
    781781        aLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    782782        expPanel.add(aLabel1); 
    783         m_aParam1 = new JTextField(9); 
    784         //m_a1Param1.setEditable(false); 
    785         expPanel.add(m_aParam1); 
    786         m_aFix1 = new JCheckBox("Fix"); 
    787         //m_a1Fix1.addItemListener(this); 
    788         expPanel.add(m_aFix1); 
     783        _aParam1 = new JTextField(9); 
     784        //_a1Param1.setEditable(false); 
     785        expPanel.add(_aParam1); 
     786        _aFix1 = new JCheckBox("Fix"); 
     787        //_a1Fix1.addItemListener(this); 
     788        expPanel.add(_aFix1); 
    789789 
    790790        JLabel t1Label1 = new JLabel(lifetimeLabel); 
    791791        t1Label1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    792792        expPanel.add(t1Label1); 
    793         m_tParam1 = new JTextField(9); 
    794         //m_t1Param1.setEditable(false); 
    795         expPanel.add(m_tParam1); 
    796         m_tFix1 = new JCheckBox("Fix"); 
    797         //m_t1Fix1.addItemListener(this); 
    798         expPanel.add(m_tFix1); 
     793        _tParam1 = new JTextField(9); 
     794        //_t1Param1.setEditable(false); 
     795        expPanel.add(_tParam1); 
     796        _tFix1 = new JCheckBox("Fix"); 
     797        //_t1Fix1.addItemListener(this); 
     798        expPanel.add(_tFix1); 
    799799 
    800800        JLabel zLabel1 = new JLabel("Z"); 
    801801        zLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    802802        expPanel.add(zLabel1); 
    803         m_zParam1 = new JTextField(9); 
    804         //m_zParam1.setEditable(false); 
    805         expPanel.add(m_zParam1); 
    806         m_zFix1 = new JCheckBox("Fix"); 
    807         //m_zFix1.addItemListener(this); 
    808         expPanel.add(m_zFix1); 
     803        _zParam1 = new JTextField(9); 
     804        //_zParam1.setEditable(false); 
     805        expPanel.add(_zParam1); 
     806        _zFix1 = new JCheckBox("Fix"); 
     807        //_zFix1.addItemListener(this); 
     808        expPanel.add(_zFix1); 
    809809 
    810810        JLabel chiSqLabel1 = new JLabel("" + CHI + SQUARE); 
    811811        chiSqLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    812812        expPanel.add(chiSqLabel1); 
    813         m_chiSqParam1 = new JTextField(9); 
    814         m_chiSqParam1.setEditable(false); 
    815         expPanel.add(m_chiSqParam1); 
     813        _chiSqParam1 = new JTextField(9); 
     814        _chiSqParam1.setEditable(false); 
     815        expPanel.add(_chiSqParam1); 
    816816        JLabel nullLabel1 = new JLabel(""); 
    817817        expPanel.add(nullLabel1); 
     
    819819        //TODO: 
    820820        // SLIMPlotter look & feel: 
    821         //Color fixColor = m_a1Param1.getBackground(); 
     821        //Color fixColor = _a1Param1.getBackground(); 
    822822        //Color floatColor = a1Label1.getBackground(); 
    823         //m_a1Param1.setBackground(floatColor); 
    824         //m_t1Param1.setBackground(floatColor); 
    825         //m_zParam1.setBackground(floatColor); 
    826         //m_chiSqParam1.setBackground(floatColor); 
     823        //_a1Param1.setBackground(floatColor); 
     824        //_t1Param1.setBackground(floatColor); 
     825        //_zParam1.setBackground(floatColor); 
     826        //_chiSqParam1.setBackground(floatColor); 
    827827 
    828828        // rows, cols, initX, initY, xPad, yPad 
     
    832832        panel.add("North", expPanel); 
    833833 
    834         m_startParam1 = new JCheckBox("Use as starting parameters for fit"); 
    835         m_startParam1.setSelected(true); 
    836         m_startParam1.setEnabled(false); 
    837  
    838         panel.add("South", m_startParam1); 
     834        _startParam1 = new JCheckBox("Use as starting parameters for fit"); 
     835        _startParam1.setSelected(true); 
     836        _startParam1.setEnabled(false); 
     837 
     838        panel.add("South", _startParam1); 
    839839        return panel; 
    840840    } 
     
    851851        a1Label2.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    852852        expPanel.add(a1Label2); 
    853         m_a1Param2 = new JTextField(9); 
    854         //m_a1Param2.setEditable(false); 
    855         expPanel.add(m_a1Param2); 
    856         m_a1Fix2 = new JCheckBox("Fix"); 
    857         //m_a1Fix2.addItemListener(this); 
    858         expPanel.add(m_a1Fix2); 
     853        _a1Param2 = new JTextField(9); 
     854        //_a1Param2.setEditable(false); 
     855        expPanel.add(_a1Param2); 
     856        _a1Fix2 = new JCheckBox("Fix"); 
     857        //_a1Fix2.addItemListener(this); 
     858        expPanel.add(_a1Fix2); 
    859859 
    860860        JLabel t1Label2 = new JLabel(lifetimeLabel + SUB_1); 
    861861        t1Label2.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    862862        expPanel.add(t1Label2); 
    863         m_t1Param2 = new JTextField(9); 
    864         //m_t1Param2.setEditable(false); 
    865         expPanel.add(m_t1Param2); 
    866         m_t1Fix2 = new JCheckBox("Fix"); 
    867         //m_t1Fix2.addItemListener(this); 
    868         expPanel.add(m_t1Fix2); 
     863        _t1Param2 = new JTextField(9); 
     864        //_t1Param2.setEditable(false); 
     865        expPanel.add(_t1Param2); 
     866        _t1Fix2 = new JCheckBox("Fix"); 
     867        //_t1Fix2.addItemListener(this); 
     868        expPanel.add(_t1Fix2); 
    869869 
    870870        JLabel a2Label2 = new JLabel("A" + SUB_2); 
    871871        a2Label2.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    872872        expPanel.add(a2Label2); 
    873         m_a2Param2 = new JTextField(9); 
    874         //m_a2Param2.setEditable(false); 
    875         expPanel.add(m_a2Param2); 
    876         m_a2Fix2 = new JCheckBox("Fix"); 
    877         //m_a2Fix2.addItemListener(this); 
    878         expPanel.add(m_a2Fix2); 
     873        _a2Param2 = new JTextField(9); 
     874        //_a2Param2.setEditable(false); 
     875        expPanel.add(_a2Param2); 
     876        _a2Fix2 = new JCheckBox("Fix"); 
     877        //_a2Fix2.addItemListener(this); 
     878        expPanel.add(_a2Fix2); 
    879879 
    880880        JLabel t2Label2 = new JLabel(lifetimeLabel + SUB_2); 
    881881        t2Label2.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    882882        expPanel.add(t2Label2); 
    883         m_t2Param2 = new JTextField(9); 
    884         //m_t2Param2.setEditable(false); 
    885         expPanel.add(m_t2Param2); 
    886         m_t2Fix2 = new JCheckBox("Fix"); 
    887         //m_t2Fix2.addItemListener(this); 
    888         expPanel.add(m_t2Fix2); 
     883        _t2Param2 = new JTextField(9); 
     884        //_t2Param2.setEditable(false); 
     885        expPanel.add(_t2Param2); 
     886        _t2Fix2 = new JCheckBox("Fix"); 
     887        //_t2Fix2.addItemListener(this); 
     888        expPanel.add(_t2Fix2); 
    889889 
    890890        JLabel zLabel2 = new JLabel("Z"); 
    891891        zLabel2.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    892892        expPanel.add(zLabel2); 
    893         m_zParam2 = new JTextField(9); 
    894         //m_zParam2.setEditable(false); 
    895         expPanel.add(m_zParam2); 
    896         m_zFix2 = new JCheckBox("Fix"); 
    897         //m_zFix2.addItemListener(this); 
    898         expPanel.add(m_zFix2); 
     893        _zParam2 = new JTextField(9); 
     894        //_zParam2.setEditable(false); 
     895        expPanel.add(_zParam2); 
     896        _zFix2 = new JCheckBox("Fix"); 
     897        //_zFix2.addItemListener(this); 
     898        expPanel.add(_zFix2); 
    899899 
    900900        JLabel chiSqLabel2 = new JLabel("" + CHI + SQUARE); 
    901901        chiSqLabel2.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    902902        expPanel.add(chiSqLabel2); 
    903         m_chiSqParam2 = new JTextField(9); 
    904         //m_chiSqParam2.setEditable(false); 
    905         expPanel.add(m_chiSqParam2); 
     903        _chiSqParam2 = new JTextField(9); 
     904        //_chiSqParam2.setEditable(false); 
     905        expPanel.add(_chiSqParam2); 
    906906        JLabel nullLabel2 = new JLabel(""); 
    907907        expPanel.add(nullLabel2); 
     
    909909        //TODO: 
    910910        // From SLIMPlotter 
    911         //Color fixColor = m_a1Param2.getBackground(); 
     911        //Color fixColor = _a1Param2.getBackground(); 
    912912        //Color floatColor = a1Label2.getBackground(); 
    913         //m_a1Param2.setBackground(floatColor); 
    914         //m_t1Param2.setBackground(floatColor); 
    915         //m_a2Param2.setBackground(floatColor); 
    916         //m_t2Param2.setBackground(floatColor); 
    917         //m_zParam2.setBackground(floatColor); 
    918         //m_chiSqParam2.setBackground(floatColor); 
     913        //_a1Param2.setBackground(floatColor); 
     914        //_t1Param2.setBackground(floatColor); 
     915        //_a2Param2.setBackground(floatColor); 
     916        //_t2Param2.setBackground(floatColor); 
     917        //_zParam2.setBackground(floatColor); 
     918        //_chiSqParam2.setBackground(floatColor); 
    919919 
    920920        // rows, cols, initX, initY, xPad, yPad 
     
    924924        panel.add("North", expPanel); 
    925925 
    926         m_startParam2 = new JCheckBox("Use as starting parameters for fit"); 
    927         m_startParam2.setSelected(true); 
    928         m_startParam2.setEnabled(false); 
    929         panel.add("South", m_startParam2); 
     926        _startParam2 = new JCheckBox("Use as starting parameters for fit"); 
     927        _startParam2.setSelected(true); 
     928        _startParam2.setEnabled(false); 
     929        panel.add("South", _startParam2); 
    930930        return panel; 
    931931    } 
     
    942942        a1Label3.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    943943        expPanel.add(a1Label3); 
    944         m_a1Param3 = new JTextField(9); 
    945         //m_a1Param3.setEditable(false); 
    946         expPanel.add(m_a1Param3); 
    947         m_a1Fix3 = new JCheckBox("Fix"); 
    948         //m_a1Fix3.addItemListener(this); 
    949         expPanel.add(m_a1Fix3); 
     944        _a1Param3 = new JTextField(9); 
     945        //_a1Param3.setEditable(false); 
     946        expPanel.add(_a1Param3); 
     947        _a1Fix3 = new JCheckBox("Fix"); 
     948        //_a1Fix3.addItemListener(this); 
     949        expPanel.add(_a1Fix3); 
    950950 
    951951        JLabel t1Label3 = new JLabel(lifetimeLabel + SUB_1); 
    952952        t1Label3.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    953953        expPanel.add(t1Label3); 
    954         m_t1Param3 = new JTextField(9); 
    955         //m_t1Param3.setEditable(false); 
    956         expPanel.add(m_t1Param3); 
    957         m_t1Fix3 = new JCheckBox("Fix"); 
    958         //m_t1Fix3.addItemListener(this); 
    959         expPanel.add(m_t1Fix3); 
     954        _t1Param3 = new JTextField(9); 
     955        //_t1Param3.setEditable(false); 
     956        expPanel.add(_t1Param3); 
     957        _t1Fix3 = new JCheckBox("Fix"); 
     958        //_t1Fix3.addItemListener(this); 
     959        expPanel.add(_t1Fix3); 
    960960 
    961961        JLabel a2Label3 = new JLabel("A" + SUB_2); 
    962962        a2Label3.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    963963        expPanel.add(a2Label3); 
    964         m_a2Param3 = new JTextField(9); 
    965         //m_a2Param3.setEditable(false); 
    966         expPanel.add(m_a2Param3); 
    967         m_a2Fix3 = new JCheckBox("Fix"); 
    968         //m_a2Fix3.addItemListener(this); 
    969         expPanel.add(m_a2Fix3); 
     964        _a2Param3 = new JTextField(9); 
     965        //_a2Param3.setEditable(false); 
     966        expPanel.add(_a2Param3); 
     967        _a2Fix3 = new JCheckBox("Fix"); 
     968        //_a2Fix3.addItemListener(this); 
     969        expPanel.add(_a2Fix3); 
    970970 
    971971        JLabel t2Label3 = new JLabel(lifetimeLabel + SUB_2); 
    972972        t2Label3.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    973973        expPanel.add(t2Label3); 
    974         m_t2Param3 = new JTextField(9); 
    975         //m_t2Param3.setEditable(false); 
    976         expPanel.add(m_t2Param3); 
    977         m_t2Fix3 = new JCheckBox("Fix"); 
    978         //m_t2Fix3.addItemListener(this); 
    979         expPanel.add(m_t2Fix3); 
     974        _t2Param3 = new JTextField(9); 
     975        //_t2Param3.setEditable(false); 
     976        expPanel.add(_t2Param3); 
     977        _t2Fix3 = new JCheckBox("Fix"); 
     978        //_t2Fix3.addItemListener(this); 
     979        expPanel.add(_t2Fix3); 
    980980 
    981981        JLabel a3Label3 = new JLabel("A" + SUB_3); 
    982982        a3Label3.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    983983        expPanel.add(a3Label3); 
    984         m_a3Param3 = new JTextField(9); 
    985         //m_a3Param3.setEditable(false); 
    986         expPanel.add(m_a3Param3); 
    987         m_a3Fix3 = new JCheckBox("Fix"); 
    988         //m_a3Fix3.addItemListener(this); 
    989         expPanel.add(m_a3Fix3); 
     984        _a3Param3 = new JTextField(9); 
     985        //_a3Param3.setEditable(false); 
     986        expPanel.add(_a3Param3); 
     987        _a3Fix3 = new JCheckBox("Fix"); 
     988        //_a3Fix3.addItemListener(this); 
     989        expPanel.add(_a3Fix3); 
    990990 
    991991        JLabel t3Label3 = new JLabel(lifetimeLabel + SUB_3); 
    992992        t3Label3.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    993993        expPanel.add(t3Label3); 
    994         m_t3Param3 = new JTextField(9); 
    995         //m_t3Param3.setEditable(false); 
    996         expPanel.add(m_t3Param3); 
    997         m_t3Fix3 = new JCheckBox("Fix"); 
    998         //m_t3Fix3.addItemListener(this); 
    999         expPanel.add(m_t3Fix3); 
     994        _t3Param3 = new JTextField(9); 
     995        //_t3Param3.setEditable(false); 
     996        expPanel.add(_t3Param3); 
     997        _t3Fix3 = new JCheckBox("Fix"); 
     998        //_t3Fix3.addItemListener(this); 
     999        expPanel.add(_t3Fix3); 
    10001000 
    10011001        JLabel zLabel3 = new JLabel("Z"); 
    10021002        zLabel3.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    10031003        expPanel.add(zLabel3); 
    1004         m_zParam3 = new JTextField(9); 
    1005         //m_zParam3.setEditable(false); 
    1006         expPanel.add(m_zParam3); 
    1007         m_zFix3 = new JCheckBox("Fix"); 
    1008         //m_zFix3.addItemListener(this); 
    1009         expPanel.add(m_zFix3); 
     1004        _zParam3 = new JTextField(9); 
     1005        //_zParam3.setEditable(false); 
     1006        expPanel.add(_zParam3); 
     1007        _zFix3 = new JCheckBox("Fix"); 
     1008        //_zFix3.addItemListener(this); 
     1009        expPanel.add(_zFix3); 
    10101010 
    10111011 
     
    10131013        chiSqLabel3.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    10141014        expPanel.add(chiSqLabel3); 
    1015         m_chiSqParam3 = new JTextField(9); 
    1016         //m_chiSqParam3.setEditable(false); 
    1017         expPanel.add(m_chiSqParam3); 
     1015        _chiSqParam3 = new JTextField(9); 
     1016        //_chiSqParam3.setEditable(false); 
     1017        expPanel.add(_chiSqParam3); 
    10181018        JLabel nullLabel3 = new JLabel(""); 
    10191019        expPanel.add(nullLabel3); 
     
    10211021        //TODO: 
    10221022        // SLIMPlotter look & feel: 
    1023         //Color fixColor = m_a1Param3.getBackground(); 
     1023        //Color fixColor = _a1Param3.getBackground(); 
    10241024        //Color floatColor = a1Label3.getBackground(); 
    1025         //m_a1Param3.setBackground(floatColor); 
    1026         //m_t1Param3.setBackground(floatColor); 
    1027         //m_a2Param3.setBackground(floatColor); 
    1028         //m_t2Param3.setBackground(floatColor); 
    1029         //m_a3Param3.setBackground(floatColor); 
    1030         //m_t3Param3.setBackground(floatColor); 
    1031         //m_zParam3.setBackground(floatColor); 
    1032         //m_chiSqParam3.setBackground(floatColor); 
     1025        //_a1Param3.setBackground(floatColor); 
     1026        //_t1Param3.setBackground(floatColor); 
     1027        //_a2Param3.setBackground(floatColor); 
     1028        //_t2Param3.setBackground(floatColor); 
     1029        //_a3Param3.setBackground(floatColor); 
     1030        //_t3Param3.setBackground(floatColor); 
     1031        //_zParam3.setBackground(floatColor); 
     1032        //_chiSqParam3.setBackground(floatColor); 
    10331033 
    10341034        // rows, cols, initX, initY, xPad, yPad 
     
    10381038        panel.add("North", expPanel); 
    10391039 
    1040         m_startParam3 = new JCheckBox("Use as starting parameters for fit"); 
    1041         m_startParam3.setSelected(true); 
    1042         m_startParam3.setEnabled(false); 
    1043         panel.add("South", m_startParam3); 
     1040        _startParam3 = new JCheckBox("Use as starting parameters for fit"); 
     1041        _startParam3.setSelected(true); 
     1042        _startParam3.setEnabled(false); 
     1043        panel.add("South", _startParam3); 
    10441044        return panel; 
    10451045    } 
     
    10561056        a1Label4.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    10571057        expPanel.add(a1Label4); 
    1058         m_aParam4 = new JTextField(9); 
    1059         //m_a1Param1.setEditable(false); 
    1060         expPanel.add(m_aParam4); 
    1061         m_aFix4 = new JCheckBox("Fix"); 
    1062         //m_a1Fix1.addItemListener(this); 
    1063         expPanel.add(m_aFix4); 
     1058        _aParam4 = new JTextField(9); 
     1059        //_a1Param1.setEditable(false); 
     1060        expPanel.add(_aParam4); 
     1061        _aFix4 = new JCheckBox("Fix"); 
     1062        //_a1Fix1.addItemListener(this); 
     1063        expPanel.add(_aFix4); 
    10641064 
    10651065        JLabel tLabel4 = new JLabel(lifetimeLabel); 
    10661066        tLabel4.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    10671067        expPanel.add(tLabel4); 
    1068         m_tParam4 = new JTextField(9); 
    1069         //m_t1Param1.setEditable(false); 
    1070         expPanel.add(m_tParam4); 
    1071         m_tFix4 = new JCheckBox("Fix"); 
    1072         //m_t1Fix1.addItemListener(this); 
    1073         expPanel.add(m_tFix4); 
     1068        _tParam4 = new JTextField(9); 
     1069        //_t1Param1.setEditable(false); 
     1070        expPanel.add(_tParam4); 
     1071        _tFix4 = new JCheckBox("Fix"); 
     1072        //_t1Fix1.addItemListener(this); 
     1073        expPanel.add(_tFix4); 
    10741074 
    10751075        JLabel hLabel4 = new JLabel("H"); 
    10761076        hLabel4.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    10771077        expPanel.add(hLabel4); 
    1078         m_hParam4 = new JTextField(9); 
    1079         //m_hParam4.setEditable(false); 
    1080         expPanel.add(m_hParam4); 
    1081         m_hFix4 = new JCheckBox("Fix"); 
    1082         //m_hFix4.addItemListener(this); 
    1083         expPanel.add(m_hFix4); 
     1078        _hParam4 = new JTextField(9); 
     1079        //_hParam4.setEditable(false); 
     1080        expPanel.add(_hParam4); 
     1081        _hFix4 = new JCheckBox("Fix"); 
     1082        //_hFix4.addItemListener(this); 
     1083        expPanel.add(_hFix4); 
    10841084 
    10851085        JLabel zLabel1 = new JLabel("Z"); 
    10861086        zLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    10871087        expPanel.add(zLabel1); 
    1088         m_zParam4 = new JTextField(9); 
    1089         //m_zParam1.setEditable(false); 
    1090         expPanel.add(m_zParam4); 
    1091         m_zFix4 = new JCheckBox("Fix"); 
    1092         //m_zFix1.addItemListener(this); 
    1093         expPanel.add(m_zFix4); 
     1088        _zParam4 = new JTextField(9); 
     1089        //_zParam1.setEditable(false); 
     1090        expPanel.add(_zParam4); 
     1091        _zFix4 = new JCheckBox("Fix"); 
     1092        //_zFix1.addItemListener(this); 
     1093        expPanel.add(_zFix4); 
    10941094 
    10951095        JLabel chiSqLabel4 = new JLabel("" + CHI + SQUARE); 
    10961096        chiSqLabel4.setHorizontalAlignment(SwingConstants.RIGHT); 
    10971097        expPanel.add(chiSqLabel4); 
    1098         m_chiSqParam4 = new JTextField(9); 
    1099         m_chiSqParam4.setEditable(false); 
    1100         expPanel.add(m_chiSqParam4); 
     1098        _chiSqParam4 = new JTextField(9); 
     1099        _chiSqParam4.setEditable(false); 
     1100        expPanel.add(_chiSqParam4); 
    11011101        JLabel nullLabel1 = new JLabel(""); 
    11021102        expPanel.add(nullLabel1); 
     
    11041104        //TODO: 
    11051105        // SLIMPlotter look & feel: 
    1106         //Color fixColor = m_a1Param1.getBackground(); 
     1106        //Color fixColor = _a1Param1.getBackground(); 
    11071107        //Color floatColor = a1Label1.getBackground(); 
    1108         //m_a1Param1.setBackground(floatColor); 
    1109         //m_t1Param1.setBackground(floatColor); 
    1110         //m_zParam1.setBackground(floatColor); 
    1111         //m_chiSqParam1.setBackground(floatColor); 
     1108        //_a1Param1.setBackground(floatColor); 
     1109        //_t1Param1.setBackground(floatColor); 
     1110        //_zParam1.setBackground(floatColor); 
     1111        //_chiSqParam1.setBackground(floatColor); 
    11121112 
    11131113        // rows, cols, initX, initY, xPad, yPad 
     
    11171117        panel.add("North", expPanel); 
    11181118 
    1119         m_startParam4 = new JCheckBox("Use as starting parameters for fit"); 
    1120         m_startParam4.setSelected(true); 
    1121         m_startParam4.setEnabled(false); 
    1122  
    1123         panel.add("South", m_startParam4); 
     1119        _startParam4 = new JCheckBox("Use as starting parameters for fit"); 
     1120        _startParam4.setSelected(true); 
     1121        _startParam4.setEnabled(false); 
     1122 
     1123        panel.add("South", _startParam4); 
    11241124        return panel; 
    11251125    } 
     
    11321132     
    11331133    private void setFitButtonState(boolean on) { 
    1134         m_fitButton.setText(on ? m_fitButtonText : CANCEL_IMAGES); 
     1134        _fitButton.setText(on ? _fitButtonText : CANCEL_IMAGES); 
    11351135    } 
    11361136     
    11371137    private boolean getFitButtonState() { 
    1138         return m_fitButton.getText().equals(m_fitButtonText); 
     1138        return _fitButton.getText().equals(_fitButtonText); 
    11391139    } 
    11401140 
     
    11461146    private void enableAll(boolean enable) { 
    11471147        // fit algorithm settings 
    1148         m_regionComboBox.setEnabled(enable); 
    1149         m_algorithmComboBox.setEnabled(enable); 
    1150         m_functionComboBox.setEnabled(enable); 
    1151         m_noiseModelComboBox.setEnabled(enable); 
    1152         m_fittedImagesComboBox.setEnabled(enable); 
    1153         m_colorizeGrayScale.setEnabled(enable); 
    1154         for (JCheckBox checkBox : m_analysisCheckBoxList) { 
     1148        _regionComboBox.setEnabled(enable); 
     1149        _algorithmComboBox.setEnabled(enable); 
     1150        _functionComboBox.setEnabled(enable); 
     1151        _noiseModelComboBox.setEnabled(enable); 
     1152        _fittedImagesComboBox.setEnabled(enable); 
     1153        _colorizeGrayScale.setEnabled(enable); 
     1154        for (JCheckBox checkBox : _analysisCheckBoxList) { 
    11551155            checkBox.setEnabled(enable); 
    11561156        } 
    1157         m_fitAllChannels.setEnabled(enable); 
     1157        _fitAllChannels.setEnabled(enable); 
    11581158         
    11591159        // cursors settings 
    1160         m_transientStartField.setEditable(enable); 
    1161         m_dataStartField.setEditable(enable); 
    1162         m_transientStopField.setEditable(enable); 
     1160        _transientStartField.setEditable(enable); 
     1161        _dataStartField.setEditable(enable); 
     1162        _transientStopField.setEditable(enable); 
    11631163        boolean promptEnable = enable; 
    11641164        if (enable) { 
     
    11671167        } 
    11681168        enablePromptCursors(promptEnable); 
    1169         m_promptComboBox.setEnabled(enable); 
     1169        _promptComboBox.setEnabled(enable); 
    11701170 
    11711171        // fit control settings 
    1172         m_xField.setEditable(enable); 
    1173         m_yField.setEditable(enable); 
    1174         m_thresholdField.setEditable(enable); 
    1175         m_chiSqTargetField.setEditable(enable); 
    1176         m_binningComboBox.setEnabled(enable); 
     1172        _xField.setEditable(enable); 
     1173        _yField.setEditable(enable); 
     1174        _thresholdField.setEditable(enable); 
     1175        _chiSqTargetField.setEditable(enable); 
     1176        _binningComboBox.setEnabled(enable); 
    11771177 
    11781178        // single exponent fit 
    1179         m_aParam1.setEditable(enable); 
    1180         m_aFix1.setEnabled(enable); 
    1181         m_tParam1.setEditable(enable); 
    1182         m_tFix1.setEnabled(enable); 
    1183         m_zParam1.setEditable(enable); 
    1184         m_zFix1.setEnabled(enable); 
     1179        _aParam1.setEditable(enable); 
     1180        _aFix1.setEnabled(enable); 
     1181        _tParam1.setEditable(enable); 
     1182        _tFix1.setEnabled(enable); 
     1183        _zParam1.setEditable(enable); 
     1184        _zFix1.setEnabled(enable); 
    11851185 
    11861186        // double exponent fit 
    1187         m_a1Param2.setEditable(enable); 
    1188         m_a1Fix2.setEnabled(enable); 
    1189         m_a2Param2.setEditable(enable); 
    1190         m_a2Fix2.setEnabled(enable); 
    1191         m_t1Param2.setEditable(enable); 
    1192         m_t1Fix2.setEnabled(enable); 
    1193         m_t2Param2.setEditable(enable); 
    1194         m_t2Fix2.setEnabled(enable); 
    1195         m_zParam2.setEditable(enable); 
    1196         m_zFix2.setEnabled(enable); 
     1187        _a1Param2.setEditable(enable); 
     1188        _a1Fix2.setEnabled(enable); 
     1189        _a2Param2.setEditable(enable); 
     1190        _a2Fix2.setEnabled(enable); 
     1191        _t1Param2.setEditable(enable); 
     1192        _t1Fix2.setEnabled(enable); 
     1193        _t2Param2.setEditable(enable); 
     1194        _t2Fix2.setEnabled(enable); 
     1195        _zParam2.setEditable(enable); 
     1196        _zFix2.setEnabled(enable); 
    11971197 
    11981198        // triple exponent fit 
    1199         m_a1Param3.setEditable(enable); 
    1200         m_a1Fix3.setEnabled(enable); 
    1201         m_a2Param3.setEditable(enable); 
    1202         m_a2Fix3.setEnabled(enable); 
    1203         m_a3Param3.setEditable(enable); 
    1204         m_a3Fix3.setEnabled(enable); 
    1205         m_t1Param3.setEditable(enable); 
    1206         m_t1Fix3.setEnabled(enable); 
    1207         m_t2Param3.setEditable(enable); 
    1208         m_t2Fix3.setEnabled(enable); 
    1209         m_t3Param3.setEditable(enable); 
    1210         m_t3Fix3.setEnabled(enable); 
    1211         m_zParam3.setEditable(enable); 
    1212         m_zFix3.setEnabled(enable); 
     1199        _a1Param3.setEditable(enable); 
     1200        _a1Fix3.setEnabled(enable); 
     1201        _a2Param3.setEditable(enable); 
     1202        _a2Fix3.setEnabled(enable); 
     1203        _a3Param3.setEditable(enable); 
     1204        _a3Fix3.setEnabled(enable); 
     1205        _t1Param3.setEditable(enable); 
     1206        _t1Fix3.setEnabled(enable); 
     1207        _t2Param3.setEditable(enable); 
     1208        _t2Fix3.setEnabled(enable); 
     1209        _t3Param3.setEditable(enable); 
     1210        _t3Fix3.setEnabled(enable); 
     1211        _zParam3.setEditable(enable); 
     1212        _zFix3.setEnabled(enable); 
    12131213 
    12141214        // stretched exonent fit 
    1215         m_aParam4.setEditable(enable); 
    1216         m_aFix4.setEnabled(enable); 
    1217         m_tParam4.setEditable(enable); 
    1218         m_tFix4.setEnabled(enable); 
    1219         m_hParam4.setEditable(enable); 
    1220         m_hFix4.setEnabled(enable); 
    1221         m_zParam4.setEditable(enable); 
    1222         m_zFix4.setEnabled(enable); 
     1215        _aParam4.setEditable(enable); 
     1216        _aFix4.setEnabled(enable); 
     1217        _tParam4.setEditable(enable); 
     1218        _tFix4.setEnabled(enable); 
     1219        _hParam4.setEditable(enable); 
     1220        _hFix4.setEnabled(enable); 
     1221        _zParam4.setEditable(enable); 
     1222        _zFix4.setEnabled(enable); 
    12231223 
    12241224        if (enable) { 
     
    12291229    public FitRegion getRegion() { 
    12301230        FitRegion region = null; 
    1231         String selected = (String) m_regionComboBox.getSelectedItem(); 
     1231        String selected = (String) _regionComboBox.getSelectedItem(); 
    12321232        if (selected.equals(SUM_REGION)) { 
    12331233            region = FitRegion.SUMMED; 
     
    12471247    public FitAlgorithm getAlgorithm() { 
    12481248        FitAlgorithm algorithm = null; 
    1249         String selected = (String) m_algorithmComboBox.getSelectedItem(); 
     1249        String selected = (String) _algorithmComboBox.getSelectedItem(); 
    12501250        if (selected.equals(JAOLHO_LMA_ALGORITHM)) { 
    12511251            algorithm = FitAlgorithm.JAOLHO; 
     
    12651265    public FitFunction getFunction() { 
    12661266        FitFunction function = null; 
    1267         String selected = (String) m_functionComboBox.getSelectedItem(); 
     1267        String selected = (String) _functionComboBox.getSelectedItem(); 
    12681268        if (selected.equals(SINGLE_EXPONENTIAL)) { 
    12691269            function = FitFunction.SINGLE_EXPONENTIAL; 
     
    12831283    public String[] getAnalysisList() { 
    12841284        List<String> analysisList = new ArrayList<String>(); 
    1285         for (JCheckBox checkBox : m_analysisCheckBoxList) { 
     1285        for (JCheckBox checkBox : _analysisCheckBoxList) { 
    12861286            if (checkBox.isSelected()) { 
    12871287                analysisList.add(checkBox.getText()); 
     
    12981298    public NoiseModel getNoiseModel() { 
    12991299        NoiseModel noiseModel = null; 
    1300         String selected = (String) m_noiseModelComboBox.getSelectedItem(); 
     1300        String selected = (String) _noiseModelComboBox.getSelectedItem(); 
    13011301        if (selected.equals(GAUSSIAN_FIT)) { 
    13021302            noiseModel = NoiseModel.GAUSSIAN_FIT; 
     
    13211321    public String getFittedImages() { 
    13221322        StringBuffer returnValue = new StringBuffer(); 
    1323         String selected = (String) m_fittedImagesComboBox.getSelectedItem(); 
     1323        String selected = (String) _fittedImagesComboBox.getSelectedItem(); 
    13241324        System.out.println("selected is " + selected); 
    13251325        String[] fittedImages = selected.split(" "); 
     
    13501350     */ 
    13511351    public boolean getColorizeGrayScale() { 
    1352         return m_colorizeGrayScale.isSelected(); 
     1352        return _colorizeGrayScale.isSelected(); 
    13531353    } 
    13541354 
    13551355    public boolean getFitAllChannels() { 
    1356         return m_fitAllChannels.isSelected(); 
     1356        return _fitAllChannels.isSelected(); 
    13571357    } 
    13581358 
    13591359    public int getX() { 
    1360         return parseInt(m_xField); 
     1360        return parseInt(_xField); 
    13611361    } 
    13621362 
    13631363    public void setX(int x) { 
    1364         m_xField.setText("" + x); 
     1364        _xField.setText("" + x); 
    13651365    } 
    13661366 
    13671367    public int getY() { 
    1368         return parseInt(m_yField); 
     1368        return parseInt(_yField); 
    13691369    } 
    13701370 
    13711371    public void setY(int y) { 
    1372         m_yField.setText("" + y); 
     1372        _yField.setText("" + y); 
    13731373    } 
    13741374 
    13751375    public int getThreshold() { 
    1376         return parseInt(m_thresholdField); 
     1376        return parseInt(_thresholdField); 
    13771377    } 
    13781378 
    13791379    public void setThreshold(int threshold) { 
    1380         m_thresholdField.setText("" + threshold); 
     1380        _thresholdField.setText("" + threshold); 
    13811381    } 
    13821382 
    13831383    public String getBinning() { 
    1384         String selected = (String) m_binningComboBox.getSelectedItem(); 
     1384        String selected = (String) _binningComboBox.getSelectedItem(); 
    13851385        return selected; 
    13861386    } 
    13871387 
    13881388    public double getChiSquareTarget() { 
    1389         return Double.valueOf(m_chiSqTargetField.getText()); 
     1389        return Double.valueOf(_chiSqTargetField.getText()); 
    13901390    } 
    13911391     
    13921392    public void setChiSquareTarget(double chiSqTarget) { 
    1393         m_chiSqTargetField.setText("" + chiSqTarget); 
     1393        _chiSqTargetField.setText("" + chiSqTarget); 
    13941394    } 
    13951395 
    13961396    public int getParameterCount() { 
    13971397        int count = 0; 
    1398         String function = (String) m_functionComboBox.getSelectedItem(); 
     1398        String function = (String) _functionComboBox.getSelectedItem(); 
    13991399        if (function.equals(SINGLE_EXPONENTIAL)) { 
    14001400            count = 4; 
     
    14131413 
    14141414    public void setFittedParameterCount(int count) { 
    1415         m_fittedParameterCount = count; 
     1415        _fittedParameterCount = count; 
    14161416    } 
    14171417 
    14181418    public double[] getParameters() { 
    14191419        double parameters[] = null; 
    1420         String function = (String) m_functionComboBox.getSelectedItem(); 
     1420        String function = (String) _functionComboBox.getSelectedItem(); 
    14211421        if (function.equals(SINGLE_EXPONENTIAL)) { 
    14221422            parameters = new double[4]; 
    1423             parameters[2] = Double.valueOf(m_aParam1.getText()); 
    1424             parameters[3] = Double.valueOf(m_tParam1.getText()); 
    1425             parameters[1] = Double.valueOf(m_zParam1.getText()); 
     1423            parameters[2] = Double.valueOf(_aParam1.getText()); 
     1424            parameters[3] = Double.valueOf(_tParam1.getText()); 
     1425            parameters[1] = Double.valueOf(_zParam1.getText()); 
    14261426        } 
    14271427        else if (function.equals(DOUBLE_EXPONENTIAL)) { 
    14281428            parameters = new double[6]; 
    1429             parameters[2] = Double.valueOf(m_a1Param2.getText()); 
    1430             parameters[3] = Double.valueOf(m_t1Param2.getText()); 
    1431             parameters[4] = Double.valueOf(m_a2Param2.getText()); 
    1432             parameters[5] = Double.valueOf(m_t2Param2.getText()); 
    1433             parameters[1] = Double.valueOf(m_zParam2.getText()); 
     1429            parameters[2] = Double.valueOf(_a1Param2.getText()); 
     1430            parameters[3] = Double.valueOf(_t1Param2.getText()); 
     1431            parameters[4] = Double.valueOf(_a2Param2.getText()); 
     1432            parameters[5] = Double.valueOf(_t2Param2.getText()); 
     1433            parameters[1] = Double.valueOf(_zParam2.getText()); 
    14341434        } 
    14351435        else if (function.equals(TRIPLE_EXPONENTIAL)) { 
    14361436            parameters = new double[8]; 
    1437             parameters[2] = Double.valueOf(m_a1Param3.getText()); 
    1438             parameters[3] = Double.valueOf(m_t1Param3.getText()); 
    1439             parameters[4] = Double.valueOf(m_a2Param3.getText()); 
    1440             parameters[5] = Double.valueOf(m_t2Param3.getText()); 
    1441             parameters[6] = Double.valueOf(m_a3Param3.getText()); 
    1442             parameters[7] = Double.valueOf(m_t3Param3.getText()); 
    1443             parameters[1] = Double.valueOf(m_zParam3.getText()); 
     1437            parameters[2] = Double.valueOf(_a1Param3.getText()); 
     1438            parameters[3] = Double.valueOf(_t1Param3.getText()); 
     1439            parameters[4] = Double.valueOf(_a2Param3.getText()); 
     1440            parameters[5] = Double.valueOf(_t2Param3.getText()); 
     1441            parameters[6] = Double.valueOf(_a3Param3.getText()); 
     1442            parameters[7] = Double.valueOf(_t3Param3.getText()); 
     1443            parameters[1] = Double.valueOf(_zParam3.getText()); 
    14441444        } 
    14451445        else if (function.equals(STRETCHED_EXPONENTIAL)) { 
    14461446            parameters = new double[5]; 
    1447             parameters[2] = Double.valueOf(m_aParam4.getText()); 
    1448             parameters[3] = Double.valueOf(m_tParam4.getText()); 
    1449             parameters[4] = Double.valueOf(m_hParam4.getText()); 
    1450             parameters[1] = Double.valueOf(m_zParam4.getText()); 
     1447            parameters[2] = Double.valueOf(_aParam4.getText()); 
     1448            parameters[3] = Double.valueOf(_tParam4.getText()); 
     1449            parameters[4] = Double.valueOf(_hParam4.getText()); 
     1450            parameters[1] = Double.valueOf(_zParam4.getText()); 
    14511451        } 
    14521452        parameters[0] = 0.0; 
     
    14551455 
    14561456    public void setParameters(double params[]) { 
    1457         String function = (String) m_functionComboBox.getSelectedItem(); 
     1457        String function = (String) _functionComboBox.getSelectedItem(); 
    14581458        if (function.equals(SINGLE_EXPONENTIAL)) { 
    1459             m_aParam1.setText    ("" + (float) params[2]); 
    1460             m_tParam1.setText    ("" + (float) params[3]); 
    1461             m_zParam1.setText    ("" + (float) params[1]); 
    1462             m_chiSqParam1.setText("" + (float) params[0]); 
     1459            _aParam1.setText    ("" + (float) params[2]); 
     1460            _tParam1.setText    ("" + (float) params[3]); 
     1461            _zParam1.setText    ("" + (float) params[1]); 
     1462            _chiSqParam1.setText("" + (float) params[0]); 
    14631463        } 
    14641464        else if (function.equals(DOUBLE_EXPONENTIAL)) { 
    1465             m_a1Param2.setText   ("" + (float) params[2]); 
    1466             m_t1Param2.setText   ("" + (float) params[3]); 
    1467             m_a2Param2.setText   ("" + (float) params[4]); 
    1468             m_t2Param2.setText   ("" + (float) params[5]); 
    1469             m_zParam2.setText    ("" + (float) params[1]); 
    1470             m_chiSqParam2.setText("" + (float) params[0]); 
     1465            _a1Param2.setText   ("" + (float) params[2]); 
     1466            _t1Param2.setText   ("" + (float) params[3]); 
     1467            _a2Param2.setText   ("" + (float) params[4]); 
     1468            _t2Param2.setText   ("" + (float) params[5]); 
     1469            _zParam2.setText    ("" + (float) params[1]); 
     1470            _chiSqParam2.setText("" + (float) params[0]); 
    14711471        } 
    14721472        else if (function.equals(TRIPLE_EXPONENTIAL)) { 
    1473             m_a1Param3.setText   ("" + (float) params[2]); 
    1474             m_t1Param3.setText   ("" + (float) params[3]); 
    1475             m_a2Param3.setText   ("" + (float) params[4]); 
    1476             m_t2Param3.setText   ("" + (float) params[5]); 
    1477             m_a3Param3.setText   ("" + (float) params[6]); 
    1478             m_t3Param3.setText   ("" + (float) params[7]); 
    1479             m_zParam3.setText    ("" + (float) params[1]); 
    1480             m_chiSqParam3.setText("" + (float) params[0]); 
     1473            _a1Param3.setText   ("" + (float) params[2]); 
     1474            _t1Param3.setText   ("" + (float) params[3]); 
     1475            _a2Param3.setText   ("" + (float) params[4]); 
     1476            _t2Param3.setText   ("" + (float) params[5]); 
     1477            _a3Param3.setText   ("" + (float) params[6]); 
     1478            _t3Param3.setText   ("" + (float) params[7]); 
     1479            _zParam3.setText    ("" + (float) params[1]); 
     1480            _chiSqParam3.setText("" + (float) params[0]); 
    14811481        } 
    14821482        else if (function.equals(STRETCHED_EXPONENTIAL)) { 
    1483             m_aParam4.setText    ("" + (float) params[2]); 
    1484             m_tParam4.setText    ("" + (float) params[3]); 
    1485             m_hParam4.setText    ("" + (float) params[4]); 
    1486             m_zParam4.setText    ("" + (float) params[1]); 
    1487             m_chiSqParam4.setText("" + (float) params[0]); 
     1483            _aParam4.setText    ("" + (float) params[2]); 
     1484            _tParam4.setText    ("" + (float) params[3]); 
     1485            _hParam4.setText    ("" + (float) params[4]); 
     1486            _zParam4.setText    ("" + (float) params[1]); 
     1487            _chiSqParam4.setText("" + (float) params[0]); 
    14881488        } 
    14891489    } 
     
    14921492        switch (function) { 
    14931493            case 0: 
    1494                 m_aParam1.setText    ("" + (float) params[2]); 
    1495                 m_tParam1.setText    ("" + (float) params[3]); 
    1496                 m_zParam1.setText    ("" + (float) params[1]); 
    1497                 m_chiSqParam1.setText("" + (float) params[0]); 
     1494                _aParam1.setText    ("" + (float) params[2]); 
     1495                _tParam1.setText    ("" + (float) params[3]); 
     1496                _zParam1.setText    ("" + (float) params[1]); 
     1497                _chiSqParam1.setText("" + (float) params[0]); 
    14981498                break; 
    14991499            case 1: 
    1500                 m_a1Param2.setText   ("" + (float) params[2]); 
    1501                 m_t1Param2.setText   ("" + (float) params[3]); 
    1502                 m_a2Param2.setText   ("" + (float) params[4]); 
    1503                 m_t2Param2.setText   ("" + (float) params[5]); 
    1504                 m_zParam2.setText    ("" + (float) params[1]); 
    1505                 m_chiSqParam2.setText("" + (float) params[0]); 
     1500                _a1Param2.setText   ("" + (float) params[2]); 
     1501                _t1Param2.setText   ("" + (float) params[3]); 
     1502                _a2Param2.setText   ("" + (float) params[4]); 
     1503                _t2Param2.setText   ("" + (float) params[5]); 
     1504                _zParam2.setText    ("" + (float) params[1]); 
     1505                _chiSqParam2.setText("" + (float) params[0]); 
    15061506                break; 
    15071507            case 2: 
    1508                 m_a1Param3.setText   ("" + (float) params[2]); 
    1509                 m_t1Param3.setText   ("" + (float) params[3]); 
    1510                 m_a2Param3.setText   ("" + (float) params[4]); 
    1511                 m_t2Param3.setText   ("" + (float) params[5]); 
    1512                 m_a3Param3.setText   ("" + (float) params[6]); 
    1513                 m_t3Param3.setText   ("" + (float) params[7]); 
    1514                 m_zParam3.setText    ("" + (float) params[1]); 
    1515                 m_chiSqParam3.setText("" + (float) params[0]); 
     1508                _a1Param3.setText   ("" + (float) params[2]); 
     1509                _t1Param3.setText   ("" + (float) params[3]); 
     1510                _a2Param3.setText   ("" + (float) params[4]); 
     1511                _t2Param3.setText   ("" + (float) params[5]); 
     1512                _a3Param3.setText   ("" + (float) params[6]); 
     1513                _t3Param3.setText   ("" + (float) params[7]); 
     1514                _zParam3.setText    ("" + (float) params[1]); 
     1515                _chiSqParam3.setText("" + (float) params[0]); 
    15161516                break; 
    15171517            case 3: 
    1518                 m_aParam4.setText    ("" + (float) params[0]); 
    1519                 m_tParam4.setText    ("" + (float) params[1]); 
    1520                 m_hParam4.setText    ("" + (float) params[2]); 
    1521                 m_zParam4.setText    ("" + (float) params[1]); 
    1522                 m_chiSqParam4.setText("" + (float) params[0]); 
     1518                _aParam4.setText    ("" + (float) params[0]); 
     1519                _tParam4.setText    ("" + (float) params[1]); 
     1520                _hParam4.setText    ("" + (float) params[2]); 
     1521                _zParam4.setText    ("" + (float) params[1]); 
     1522                _chiSqParam4.setText("" + (float) params[0]); 
    15231523                break; 
    15241524        } 
     
    15271527    public boolean[] getFree() { 
    15281528        boolean free[] = null; 
    1529         String function = (String) m_functionComboBox.getSelectedItem(); 
     1529        String function = (String) _functionComboBox.getSelectedItem(); 
    15301530        if (function.equals(SINGLE_EXPONENTIAL)) { 
    15311531            free = new boolean[3]; 
    1532             free[0] = !m_aFix1.isSelected(); 
    1533             free[1] = !m_tFix1.isSelected(); 
    1534             free[2] = !m_zFix1.isSelected(); 
     1532            free[0] = !_aFix1.isSelected(); 
     1533            free[1] = !_tFix1.isSelected(); 
     1534            free[2] = !_zFix1.isSelected(); 
    15351535        } 
    15361536        else if (function.equals(DOUBLE_EXPONENTIAL)) { 
    15371537            free = new boolean[5]; 
    1538             free[0] = !m_a1Fix2.isSelected(); 
    1539             free[1] = !m_t1Fix2.isSelected(); 
    1540             free[2] = !m_a2Fix2.isSelected(); 
    1541             free[3] = !m_t2Fix2.isSelected(); 
    1542             free[4] = !m_zFix2.isSelected(); 
     1538            free[0] = !_a1Fix2.isSelected(); 
     1539            free[1] = !_t1Fix2.isSelected(); 
     1540            free[2] = !_a2Fix2.isSelected(); 
     1541            free[3] = !_t2Fix2.isSelected(); 
     1542            free[4] = !_zFix2.isSelected(); 
    15431543        } 
    15441544        else if (function.equals(TRIPLE_EXPONENTIAL)) { 
    15451545            free = new boolean[7]; 
    1546             free[0] = !m_a1Fix3.isSelected(); 
    1547             free[1] = !m_t1Fix3.isSelected(); 
    1548             free[2] = !m_a2Fix3.isSelected(); 
    1549             free[3] = !m_t2Fix3.isSelected(); 
    1550             free[4] = !m_a3Fix3.isSelected(); 
    1551             free[5] = !m_t3Fix3.isSelected(); 
    1552             free[6] = !m_zFix3.isSelected(); 
     1546            free[0] = !_a1Fix3.isSelected(); 
     1547            free[1] = !_t1Fix3.isSelected(); 
     1548            free[2] = !_a2Fix3.isSelected(); 
     1549            free[3] = !_t2Fix3.isSelected(); 
     1550            free[4] = !_a3Fix3.isSelected(); 
     1551            free[5] = !_t3Fix3.isSelected(); 
     1552            free[6] = !_zFix3.isSelected(); 
    15531553 
    15541554        } 
    15551555        else if (function.equals(STRETCHED_EXPONENTIAL)) { 
    15561556            free = new boolean[4]; 
    1557             free[0] = !m_aFix4.isSelected(); 
    1558             free[1] = !m_tFix4.isSelected(); 
    1559             free[2] = !m_hFix4.isSelected(); 
    1560             free[3] = !m_zFix4.isSelected(); 
     1557            free[0] = !_aFix4.isSelected(); 
     1558            free[1] = !_tFix4.isSelected(); 
     1559            free[2] = !_hFix4.isSelected(); 
     1560            free[3] = !_zFix4.isSelected(); 
    15611561        } 
    15621562        return free; 
     
    15651565    public boolean getRefineFit() { 
    15661566        JCheckBox checkBox = null; 
    1567         String function = (String) m_functionComboBox.getSelectedItem(); 
     1567        String function = (String) _functionComboBox.getSelectedItem(); 
    15681568        if (function.equals(SINGLE_EXPONENTIAL)) { 
    1569             checkBox = m_startParam1; 
     1569            checkBox = _startParam1; 
    15701570        } 
    15711571        else if (function.equals(DOUBLE_EXPONENTIAL)) { 
    1572             checkBox = m_startParam2; 
     1572            checkBox = _startParam2; 
    15731573        } 
    15741574        else if (function.equals(TRIPLE_EXPONENTIAL)) { 
    1575             checkBox = m_startParam3; 
     1575            checkBox = _startParam3; 
    15761576        } 
    15771577        else if (function.equals(STRETCHED_EXPONENTIAL)) { 
    1578             checkBox = m_startParam4; //TODO use an array of checkboxes, etc. 
     1578            checkBox = _startParam4; //TODO use an array of checkboxes, etc. 
    15791579        } 
    15801580        return !checkBox.isSelected(); 
     
    15871587     */ 
    15881588    public String getTransientStart() { 
    1589         return m_transientStartField.getText();   
     1589        return _transientStartField.getText();   
    15901590    } 
    15911591   
     
    15961596     */ 
    15971597    public void setTransientStart(String transientStart) { 
    1598         m_transientStartField.setText(transientStart); 
     1598        _transientStartField.setText(transientStart); 
    15991599    } 
    16001600     
     
    16041604     */  
    16051605    public String getDataStart() { 
    1606         return m_dataStartField.getText(); 
     1606        return _dataStartField.getText(); 
    16071607    } 
    16081608     
     
    16121612     */ 
    16131613    public void setDataStart(String dataStart) { 
    1614         m_dataStartField.setText(dataStart); 
     1614        _dataStartField.setText(dataStart); 
    16151615    } 
    16161616 
     
    16211621     */ 
    16221622    public String getTransientStop() { 
    1623         return m_transientStopField.getText(); 
     1623        return _transientStopField.getText(); 
    16241624    } 
    16251625 
     
    16301630     */ 
    16311631    public void setTransientStop(String transientStop) { 
    1632         m_transientStopField.setText(transientStop); 
     1632        _transientStopField.setText(transientStop); 
    16331633    } 
    16341634 
     
    16391639     */ 
    16401640    public String getPromptDelay() { 
    1641         return m_promptDelayField.getText(); 
     1641        return _promptDelayField.getText(); 
    16421642    } 
    16431643 
     
    16481648     */ 
    16491649    public void setPromptDelay(String promptDelay) { 
    1650         m_promptDelayField.setText(promptDelay); 
     1650        _promptDelayField.setText(promptDelay); 
    16511651    } 
    16521652 
     
    16561656     */ 
    16571657    public String getPromptWidth() { 
    1658         return m_promptWidthField.getText(); 
     1658        return _promptWidthField.getText(); 
    16591659    } 
    16601660 
     
    16651665     */ 
    16661666    public void setPromptWidth(String promptWidth) { 
    1667         m_promptWidthField.setText(promptWidth); 
     1667        _promptWidthField.setText(promptWidth); 
    16681668    } 
    16691669 
     
    16741674     */ 
    16751675    public String getPromptBaseline() { 
    1676         return m_promptBaselineField.getText(); 
     1676        return _promptBaselineField.getText(); 
    16771677    } 
    16781678 
     
    16831683     */ 
    16841684    public void setPromptBaseline(String promptBaseline) { 
    1685         m_promptBaselineField.setText(promptBaseline); 
     1685        _promptBaselineField.setText(promptBaseline); 
    16861686    } 
    16871687 
     
    17031703     */ 
    17041704    private void enablePromptCursors(boolean enable) { 
    1705         m_promptDelayField.setEditable(enable); 
    1706         m_promptWidthField.setEditable(enable); 
    1707         m_promptBaselineField.setEditable(enable); 
     1705        _promptDelayField.setEditable(enable); 
     1706        _promptWidthField.setEditable(enable); 
     1707        _promptBaselineField.setEditable(enable); 
    17081708    } 
    17091709     
     
    17141714    private void reconcileStartParam() { 
    17151715        // parameter counts happen to be unique for each fit function 
    1716         boolean enable = (m_fittedParameterCount == getParameterCount()); 
    1717         m_startParam1.setEnabled(enable); 
    1718         m_startParam2.setEnabled(enable); 
    1719         m_startParam3.setEnabled(enable); 
    1720         m_startParam4.setEnabled(enable); 
     1716        boolean enable = (_fittedParameterCount == getParameterCount()); 
     1717        _startParam1.setEnabled(enable); 
     1718        _startParam2.setEnabled(enable); 
     1719        _startParam3.setEnabled(enable); 
     1720        _startParam4.setEnabled(enable); 
    17211721    } 
    17221722 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.