Ignore:
Timestamp:
05/07/12 15:41:25 (8 years ago)
Author:
avivekan
Message:

trial ratio method added

Location:
trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow/Find_Particle_Areas.java

    r7973 r7997  
    2121        private int stackSize, curSlice, sizeMin; 
    2222        private Duplicator duplicator; 
    23         private TextWindow twindow; 
     23        private static TextWindow twindow; 
    2424         
    2525 
     
    212212                        for(int i=0; i<totalParticleValues.size(); i++) 
    213213                                particleValue+=totalParticleValues.get(i); 
    214                         //make custom entry for average and median 
    215                         twindow.append("Average pixel area over    \t"+ numEntries + "\t    slices is    \t"+(particleValue/numEntries)); 
    216                         twindow.append("Median pixel area from    \t"+ numEntries + "\t    slices is    \t"+(totalParticleValues.get(numEntries/2))); 
     214                        //make custom entry for average median min and max 
     215                        twindow.append("Average particle pixel area over    \t"+ numEntries + "\t    slices is    \t"+(particleValue/numEntries)); 
     216                        twindow.append("Median particle pixel area from    \t"+ numEntries + "\t    slices is    \t"+(totalParticleValues.get(numEntries/2))); 
     217                        twindow.append("MIN particle pixel area over    \t"+ numEntries + "\t    slices is    \t"+(totalParticleValues.get(0))); 
     218                        twindow.append("MAX particle pixel area over    \t"+ numEntries + "\t    slices is    \t"+(totalParticleValues.get(totalParticleValues.size()-1))); 
    217219                         
    218220                        imageToAnalyze.flush(); 
     
    224226                        IJ.log(e.getMessage()); 
    225227                } 
     228        } 
     229         
     230        public static TextWindow getTextWindow(){ 
     231                return twindow; 
    226232        } 
    227233         
  • trunk/projects/flow-cytometry/src/main/java/loci/apps/flow/FlowCyto.java

    r7995 r7997  
    1212import ij.plugin.frame.RoiManager; 
    1313import ij.process.ByteProcessor; 
     14import ij.text.TextWindow; 
    1415 
    1516import java.awt.image.ColorModel; 
     
    148149                        if (pixelsPerMicron > 0){  
    149150                                pixelMicronSquared = pixelsPerMicron*pixelsPerMicron; 
    150                                 IJ.run("Set Scale...", "distance="+width+" known="+((double)width/pixelsPerMicron) +" pixel=1 unit=microns"); 
     151//                              IJ.run("Set Scale...", "distance="+width+" known="+((double)width/pixelsPerMicron) +" pixel=1 unit=microns"); 
    151152                                //-----------------------FOR DEBUG PURPOSES--------------------// 
    152153                                IJ.log("ImageJ started for "+mode+" mode in "+ ((System.nanoTime() - initialTime)/1000) +"us"); 
     
    296297                return false; 
    297298        } 
     299         
     300        @SuppressWarnings("static-access") 
     301        public static void calcTrialRatio(){ 
     302                ImagePlus impIN2=new ImagePlus(), tempimp=new ImagePlus(); 
     303                ImageStack stackIN2 = new ImageStack(); 
     304                float[] summedPixelAreasArray, foundInSliceArray; 
     305                float avgBF, medBF, minBF, maxBF, avgIN, medIN, minIN, maxIN;            
     306 
     307                impBF.setSlice(1); 
     308                IJ.run(impBF, "Find Particle Areas", "channel=Brightfield threshold_minimum=170 size_minimum=100 run_plugin_over_entire_stack"); 
     309 
     310                ResultsTable rtab = Find_Particle_Areas.getTextWindow().getTextPanel().getResultsTable(); 
     311                summedPixelAreasArray = rtab.getColumn(rtab.getColumnIndex("Area")); 
     312                maxBF = summedPixelAreasArray[summedPixelAreasArray.length-1]; 
     313                minBF = summedPixelAreasArray[summedPixelAreasArray.length-2]; 
     314                medBF = summedPixelAreasArray[summedPixelAreasArray.length-3]; 
     315                avgBF = summedPixelAreasArray[summedPixelAreasArray.length-4]; 
     316                 
     317                foundInSliceArray = rtab.getColumn(rtab.getColumnIndex("Slice")); 
     318                for(int i=0; i<foundInSliceArray.length; i++){ 
     319                        int index = (int)foundInSliceArray[i]; 
     320                        tempimp = dup.run(impIN, index, index); 
     321                        stackIN2.addSlice(tempimp.getProcessor()); 
     322                        impIN2.setStack(stackIN2); 
     323                        imp.unlock(); 
     324                } 
     325                 
     326                impIN2.setSlice(1); 
     327                IJ.run(impIN2, "Find Particle Areas", "channel=Intensity threshold_minimum=20 size_minimum=0 run_plugin_over_entire_stack"); 
     328                rtab = Find_Particle_Areas.getTextWindow().getTextPanel().getResultsTable(); 
     329                summedPixelAreasArray = rtab.getColumn(rtab.getColumnIndex("Area")); 
     330                maxIN = summedPixelAreasArray[summedPixelAreasArray.length-1]; 
     331                minIN = summedPixelAreasArray[summedPixelAreasArray.length-2]; 
     332                medIN = summedPixelAreasArray[summedPixelAreasArray.length-3]; 
     333                avgIN = summedPixelAreasArray[summedPixelAreasArray.length-4]; 
     334                 
     335                IJ.log("Average pixel ratio: "+avgIN/avgBF); 
     336                IJ.log("Median pixel ratio: "+medIN/medBF);              
     337                IJ.log("Minimum pixel ratio: "+minIN/minBF); 
     338                IJ.log("Maximum pixel ratio: "+maxIN/maxBF); 
     339                 
     340                impIN2.flush(); 
     341                impIN2.close(); 
     342                tempimp.flush(); 
     343                tempimp.close(); 
     344                stackIN2=null; 
     345        } 
    298346 
    299347        @SuppressWarnings("static-access") 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.